八十五年間，侯寬仁任職台北地檢署偵辦「太極門氣功養生學會」涉嫌詐欺案，八十六年間偵查終結，起訴太極門掌門人洪石和等人，移由台北地方法院審理迄今。監察院於八十九年間受理太極門陳情，調查檢方偵辦太極門案過程有無疏失。

監察院調查一年多，上月廿二日司法、獄政、內政及少數民族委員會第三屆第四十三次聯席會議中作成決議，認為侯寬仁辦案疑違反偵查不公開原則、調查未盡屬實、搜索理由牽強、未查明確係犯罪所得即凍結被告資產、未依科學證據辦案即認定被告畜養「小鬼」駭人聽聞、通知行政機關解散道館侵害行政權、訊問被告未依法通知辯護人到場、未在偵查庭開庭，及提訊被告態度惡劣等九項缺失。

監察院的調查意見指出，侯寬仁偵辦太極門案，多處違反刑事訴訟法，嚴重侵害被告權益，法務部應從嚴究責，就本案缺失情形研具改進措施。此外，台北市政府怠忽職責、未詳細查證屬實，逕依自救會陳情及檢察官來函即通知太極門道館解散，損害集會結社權益，內政部亦應檢討改進。全案部分查證情形，也函請司法院轉所屬參考辦理。

針對監察院列舉的辦案缺失，侯寬仁表示，當初檢調搜索太極門的範圍較廣，絕對沒有主動通知媒體，也不知媒體當時在場，無洩密問題。而被害人多達兩千多人，無法一一傳訊，為偵查便捷，依被害人自救會提供的資料作認定，目的是符合訴訟經濟，偵查作為沒有草率或謬誤。

侯寬仁表示，檢方當初是依據台北市調查處的搜索票聲請書及執行計畫書所附資料，認為本案有相當理由足以核發搜索票，並未濫權。至於扣押物經被告聲請準抗告，最高法院早已駁回，認為檢方扣押被告犯罪所得合法。

關於「養小鬼」的部分，侯寬仁強調，檢方只認定被告藉此為詐欺的手段，有如怪力亂神而已。歷次偵訊過程，被告有數次表明不用辯護人在場，且記明筆錄，因此才未通知律師；其餘是有急迫情形，依刑事訴訟法規定，毋庸通知。通知台北市政府解散道館，是依法處理，且行政機關應當有行政裁量權，檢方職責所在，並無不妥。